Sıkça Sorulan Sorular

Karaciğer Bölütleme Algoritmaları Yarışıyor!

__________________________________________________________________________________________________________________________________________________________

Anasayfa

Takvim

Yarışma Sonuçları

Güncel Sonuçlar

Katılım Koşulları

Düzenleme Kurulu

Uygulama

Veri Ayrıntıları

Değerlendirme

Başvuru

Çağrı Metni

Sıkça Sorulan Sorular

İletişim

Soru: Elle işaretlenmiş (referans) görüntüler arasında bazı yerlerde kopukluk ve ani geçişler var. Hatalı işaretleme olabilir mi (Örnek: 18 numaralı seride 54. ve 55. görüntüler) ?

Yanıt: Referans verilerin işaretlenmesinde hata olma ihtimali her zaman olsa da, verilerin ve etiketlerin defalarca kontrol edilmiş olması nedeniyle bu ihtimalin oldukça düşük olduğunu umuyoruz. Ani geçiş ve kopukluk etkisinde rol oynayan temel etmenler karaciğerin anatomisi ve kesitlerin 3 mm aralık ile alınıyor olması.

3mm’den daha düşük kesit mesafesi kullanılmamasının sebebi, bu miktarın hacim ölçümü için yeterli görülmesi ve vericinin daha fazla radyasyon almasının engellenmesi.

Bu yüksek kesit aralığı, özellikle karaciğer gibi şekli çok değişkenlik gösteren bir organda kesitler arası büyük görsel farklara yol açabiliyor. Etiketleme esnasında uzmanların tekrar tekrar inceleyerek karar verdikleri bölgeler oldu. Örneğin, karaciğerin içinden geçerek dışarıya devam eden bir damar, karaciğerin tamamen içindeyken organa dahil ediliyor, ancak dışarıda kaldığında hariç tutuluyor. Tam çıkışın yaşandığı bölgede ise kesitler arası mesafe fazla olduğundan karar vermek zorlaşabiliyor.

Başka bir örnek ise 18 numaralı serinin 54. ve 55. görüntülerinde mevcut. Aynı kesitte hem hepatik arter ve hem de vena kava damarları parankima dokusundan ayrılırken, ortada daire şeklinde ufak bir parankima dokusu kalıyor. Uzmanlar tarafından hastanın anatomik yapısı ile ilgili nadir bir durum olarak yorumlanan bu görüntüler, etiketler arasında keskin bir farka sebep oluyor.

 

 Soru: Nadir görülen durumların eğitim kümesinde yer alması öğrenme tabanlı yöntemleri olumsuz etkiler mi?

Yanıt: Veri kümesinde yer alan en nadir durumun literatürde sunulmuş görülme olasılığı %15. PACS’tan rassal olarak alınan 20 görüntü serisinin içerisinde de bu duruma 3 seride rastlanıyor. Bu nedenle, sorunun çözümünde çalışılabilmesi için, bir örneği eğitim veri kümesinin içerisine dahil edilirken, kalan iki örneği de test kümesine alındı.

 

Soru: Eğitim kümesindeki 14 numaralı serinin kontrast aralığı diğer serilerden farklı. Window/Level dönüşümleri yaptıktan sonra karaciğer gözlemlenebiliyor, ancak bu durum algoritmaları yanıltabilir. BT çekim parametre farklılıkları göz önüne alınmalı mı?

Yanıt: Bu farkın sebebi; bu serinin en üst-sol köşesinde 49900 civalarında gri seviye değerine sahip 45-50 adet pikselden oluşan kümedir. Bu durum tamamen görüntünün elde edildiği cihaz kaynaklıdır. Bu gibi durumlara karşı seri görüntülenmeye başlamadan önce DICOM meta bilgisi içerisindeki pencere seviyesi ve genişliği (Window Width (WW), Window Level (WL)) değerlerine göz atılması gerekiyor. Ancak bazı programların bu bilgileri kullanma şekilleri farklı olabiliyor. Örneğin bu seriden bir görüntü 3D Slicer ve ImageJ ile incelendiğinde farklı şekilde görüntüleniyor. 3D Slicer'da WL-WW değeri dikkate alınmadığından tüm dinamik aralığın görüntülenmeye çalışıldığı çok düşük kontrastlı bir görüntü elde edilirken, ImageJ incelenmek istenen karaciğere çok daha yakın bir görsel sağlıyor. Bu farkın sebebi yazılımların WW ve WL değerlerini kullanma şekillerindeki farklılık.

 

Ancak serideki mevcut olan bu piksel kümesi durumu bir hata değil, daha ziyade klinik uygulama anlamında karşılaşılma ihtimali olan bir zorluk. Bu nedenle her haükarda, DICOM içerisindeki WW - WL bilgisinin doğru kullanımı ile aşılabiliyor.

 

Soru: Etkileşimli yöntemler otomatik yöntemlere göre algoritmaların başarımına çok katkı sağlama avantajına sahip. Yöntemlerin etkileşim miktarında sınırlama var mı? Otomatik ve etkileşimli yöntemler aynı metrikler ile mi değerlendirilecek?

Yanıt: Yöntemlerin etkileşim mekanizmaları konusunda herhangi bir sınırlama yok, ancak SLiver 2007 (http://mbi.dkfz-heidelberg.de/grand-challenge2007/sites/eval.htm) gibi yarışmalarda gözetilen noktalar ve penaltı parametreleri, bu yarışmada da kullanılarak etkileşimli yöntemlerin sağladığı avantajlar, değerlendirilmelerindeki farklılıklar ile dengelenecek. Değerlendirme konusunda ayrıntılı bilgiler önümüzdeki günlerde duyurulacaktır.

 

Soru: Katılan yöntemlerin özgün olması mı gerekiyor?

Yanıt: Yöntemlerin özgünlüğü konusunda da herhangi bir sınırlama bulunmuyor. Özgün yöntemlerle katılan ekiplerin tüm yayın hakları kendilerinde kalmakla beraber, yaklaşımlarını kısa bir sunum ve/veya rapor ile aktarmalarını rica edeceğiz.

Ayrıca, ITK gibi yaygın kullanılan kütüphanelerdeki “Fast Marching - FM” gibi iyi bilinen algoritmaların kullanımı da mümkün. Böyle bir yolu tercih eden bir ekibin, FM yönteminin etkinliğini ciddi oranda etkileyen parametrelerin belirlenmesi ve başlangıç noktalarının görüntüye yerleştirilmesi konusunda yapacağı çalışmalar da ayrı bir kıymet taşıyor.

Özet olarak, yarışma açısından karaciğeri çok iyi bölütlemek için özelleşmiş çok adımlı bir sistem kadar, genel amaçlı bir tekniğin uygun arayüz araçları ile iyi hazırlanmış bir uygulaması da değer taşıyor. Böylelikle farklı yöntem ailelerinin birbirlerini tamamlayıcı (complementary) özelliklerini analiz etmeyi hedefliyoruz. 

Last modified: Wednesday, 2 May 2018, 9:49 AM